Сюжет игры связан с уникальным артефактом — «Скрижалью Порядка и Хаоса». Когда он был разрушен во время столкновения между Человеком-пауком и Мистерио, в различных вселенных Marvel возникает дисбаланс. Мадам Паутина обращается к четырём ипостасям Человека-паука с просьбой помочь ей в возвращении порядка. Игра начинается в Amazing universe (Удивительной вселенной), где Amazing Spider-Man преследует Крэйвена Охотника, владеющего фрагментом скрижали. Когда Человек-паук сталкивается со злодеем, то выясняется, что у Крэвена повысилась скорость. Но Человеку-пауку удается победить его и получить фрагмент. Действие игры переходит во вселенную Нуар, где местному Человеку-пауку нужно отнять частицу скрижали у Молотоголового, который хочет передать её своему боссу — Норману Озборну. Но Молотоголовый использует свойства артефакта на себе, что дало ему возможность создать сплав из огнестрельного оружия и собственных рук. Человеку-пауку удается победить злодея и вернуть фрагмент. Во вселенной 2099 года, Человек-паук ищет Хобгоблина, который применяет фрагмент скрижали для создания собственных клонов. Но и тут злодей проигрывает, а герой получает фрагмент. В Ultimate вселенной Человек-паук сражается с Электро, который с помощью артефакта увеличивается в размерах и создаёт миньонов. Но с помощью воды Ultimate Spider-Man лишает злодея сил для дальнейшей борьбы и получает часть артефакта. Тем временем, Мистерио узнаёт о существовании других частей скрижали.
В Удивительной вселенной Человек-паук находит фрагмент у Песочного человека в карьере, принадлежавшем Рокксон Индастрис. Злодей получает власть над местом битвы, и создаёт миньонов. Но с помощью воды герой побеждает его. Во вселенной Нуар Человек-паук преследует Стервятника, в итоге заставляя его вернуть фрагмент. В мире 2099 года часть скрижали оказывается у Скорпиона, который отложил яйца. В схватке он упоминает о своём заказчике — Докторе Осьминоге. Ультимативный Человек-паук появляется на реалити-шоу Дедпула, чтобы отобрать у него фрагмент. Злодею удаётся клонировать себя, но это не даёт ему шансов на победу.
В Удивительной вселенной Мадам Паутина получает фрагмент от Удивительного Человека-паука, но в этот момент на них нападает Мистерио. Он похищает её, и угрожает убить её, если Человек-паук не принесёт ему другие фрагменты. Герой обнаруживает фрагмент на стройке, где сталкивается с Джагернаутом, который украл часть артефакта у Соболя. С его помощью он стал сильнее, но в итоге Паук победил. В мире Нуар Человек-паук противостоит Норману Осборну, который стал чудовищем из-за использования фрагмента на карнавале. После сражения у цирка шапито Осборн побеждён, и Человек-паук требует фрагмент. Во вселенной 2099 местный герой сталкивается с женщиной Доктором Осьминогом — лидером Alchemax Shadow Division, создавшей Хобгоблина и нанявшей Скорпиона. Она использует фрагмент скрижали, чтобы запустить реактор, который способен нанести ущерб всему миру. Человек-паук отключает реактор и побеждает её, требуя фрагмент. Тем временем в Ультимативной вселенной S.H.I.E.L.D. получает фрагмент, но Карнаж нападает на агентов и с помощью артефакта превращает их в своих зомбированых слуг. Человек-паук смог остановить злодея, и получает часть скрижали.
Когда все фрагменты артефакта собраны, Мистерио использует скрижаль для увеличения своих сил. Каждая из четырёх ипостасей Человека-паука побеждает злодея. Мадам Паутина благодарна им за то, что они спасли всю вселенную. После этого, каждый из героев возвращается в своё измерение, а Удивительный Человек-паук сажает Мистерио в тюрьму...
